Γεωλογική τομή του ΝΑ άκρου του ορεινού συστήματος του Ψηλορείτη. Η γεωλογική τομή αποτελεί καινοτόμο στοιχείο του Μουσείου αφού ακριβώς κάτω από τη ζωγραφισμένη τομή (σχεδίασε ο Γεωλόγος Στέλιος Μανωλιούδης και ζωγράφισε σε μεγαλύτερη κλίμακα ο ζωγράφος Βλαδίμηρος Σαρκησώφ) υπάρχουν προθήκες με τα πετρώματα που απεικονίζονται. Αναλυτικά:

• 13 -Πλακώδη μάρμαρα δομούν τον Ψηλορείτη, τα βαθύτερα πετρώματα της Κρήτης.
• 14 - Φυλλίτες – Χαλαζίτες πάνω από τα πλακώδη μάρμαρα αποτελούν το αδιαπέραστο υπόβαθρο που δημιουργεί τις πηγές Γέργερης Ζαρού κ.λπ.
• 15 - Ασβεστόλιθοι Τρίπολης πάνω από τους φυλλίτες, διαπερατό πέτρωμα από το οποίο κατεισδύουν τα νερά της βροχής και δημιουργούν τις πηγές.
• 16 - Μαργαϊκοί ασβεστόλιθοι 6-12 εκ. χρόνων, πολύ καλό δομικό υλικό.
• 17 - Μάργες άργιλοι κυρίως θαλάσσιας ή λιμναίας προέλευσης
• 18 - Ιζήματα κάμπου Μεσαράς
• 19 - Γύψοι Δημιουργήθηκαν με το κλείσιμο του Γιβραλτάρ και την εξάτμιση του θαλασσινού νερού. Περιέχει και θειάφι το οποίο χρησιμοποιούσαν παλαιότερα οι κάτοικοι για θειάφισμα των αμπελιών.

• Μουσείο Τοπικής Φυσικής Ιστορίας Γυμνασίου Γέργερης
• Αίθουσα Γεωλογίας
• Γεωλογική Τομή
• Απολιθώματα
• Φυσικοί Πόροι
• Προθήκη από Δωρεά Γεωλόγου Νικολάου Αλπαντάκη
• Προθήκη και Χάρτης δημιουργίας πετρωμάτων